세상에 앙심을 가득 품은 무시무시한 괴물이 나타났다!!
그런데… 지구를 구할 단 하나의 희망이 하필 짱구라고?! 

2024년 어느 날, 하늘에서 두 개의 빛이 떨어진다. 악의 초능력자를 만드는 검은빛은 불행한 인생을 살고 있는 음지남에게, 정의의 초능력자를 만드는 하얀빛은 짱구에게 떨어지는데…. 초능력을 얻은 짱구는 알 수 없는 신비한 힘이 샘솟는 걸 느끼고, 운동회에서 엄청난 활약을 한다. 그리고 이를 감지한 초능력 조정위원회의 연구만과 예리해는 짱구의 집을 찾아가 누스또라다무스의 예언에 대해 이야기하고, 짱구에게 초능력 훈련을 시키자는 제안을 한다. 
한편, 악의 초능력자가 된 음지남은 어마어마한 자신의 힘을 깨닫고 세상에 대한 복수를 하기로 다짐한다. 유치원에 쳐들어가 채성아 선생님과 짱구의 친구들을 인질로 삼아 위협하지만, 곧 이를 알고 찾아온 짱구와 싸우다 특공대가 출동하자 유치원 밖으로 도망친다. 
그리고 자신을 찾아온 누스또라다무스2세를 따라 세상전복단이라는 조직의 본부로 들어간다. 누스또라다무스2세는 사회에서 실패한 청년들을 모아 우울에너지를 모으고 있었고, 음지남의 힘을 이용하여 세상을 파괴하려는 계획을 세우고 있었는데…. 결국 음지남은 누스또라다무스2세에게 잡혀 강제로 우울에너지를 빼앗기게 되고, 그 과정에서 기계가 고장나면서 음지남은 거대한 괴물로 변해 세상을 위협한다.
과연 짱구는 거대하고 무시무시한 초능력 괴물로부터 친구들과 가족, 그리고 세상을 구할 수 있을 것인가?!