이번에는 짱구에게 또 무슨 일이 생겼을까?
반전에 반전을 거듭하는 흥미진진한 이야기가 가득!

오늘도 여느 날처럼 평화로운 하루를 보내고 있던 중, 짱구네 집에 손님들이 도착한다.
바로 짱구가 태어난 산부인과의 병원장, 그리고 의문의 한 여인과 어린아이.
여인의 이름은 나르하, 아이의 이름은 진구로, 병원장은 짱구와 진구가 태어날 때 서로 산부인과에서 바뀌었다며 거듭 사과한다.
곤란해 하는 짱구네 가족에게 나르하는 우선 다 함께 짱구네 집에서 잠시 지내보자는 제안을 하게 된다.
그리고 그날 밤, 수상한 닌자 무리가 침입하여 나르하와 짱구를 납치한다.
알고 보니 나르하와 진구는 이 세상 어딘가에 숨어 있는 ‘닌자마을’의 닌자였고,
어떤 사정으로 인해 몰래 마을을 빠져나와 짱구네 집으로 오게 됐지만 다시 마을로 끌려가게 된 것이었는데….
닌자마을에는 지구의 배꼽이 있고, 지구의 에너지가 배꼽으로 빠져나가는 걸 막기 위한 ‘배꼽 마개’와
그것을 지키는 배꼽지기가 존재한다. 그리고 나르하는 그 배꼽지기의 아내, 진구는 아들이었는데 얼떨결에 진구 대신 짱구가 끌려오고 말았다!
이와 같은 오해로 짱구에게는 앞으로 동물을 불러내는 ‘동물소환술’을 사용해 지구의 배꼽을 지키라는 촌장의 불호령이 떨어진다.
과연 짱구는 지구도 무사히 지켜 내고 사랑하는 가족의 품으로 다시 돌아갈 수 있을까?
반전에 반전을 거듭하는 〈극장판 짱구는 못말려-동물소환 닌자 배꼽수비대〉에서
이번에는 사랑이라는 거대한 힘에 대해 이야기한다.
사랑만 있다면 그 어떤 어렵고 고단한 일이더라도 기꺼이 또 묵묵히 참아 낼 수 있음을 말이다.