국가 해양생태계 종합조사는 기존의 개별조사사업(연안습지기초조사, 해양생태계기본조사, 해양보호구역 조사·관찰, 해양생물다양성 조사 등)을 하나로 통합하여 해양생태계의 종합적이고 체계적인 분석이 가능하도록 개편 하였다. 주요 내용으로는 조사주기를 1~2년으로 단축하여 그간의 조사에서 누락되었던 시계열 자료를 확보함과 동시에 과거-현재-미래를 비교·판단·예측할 수 있는 과학적 자료의 축적이 가능하게 되었다. 우리나라 해양을 2개의 권역으로 나누어 2년에 한번 해양생태계 일반 현황을 파악하고, 중점조사지역을 선정하여 매년 조사함으로써 해양환경 변화에 반응하는 해양생태계의 변화를 모니터링 하도록 하였다.

Ⅰ. 서론

Ⅱ. 갯벌생태계
제1절 퇴적환경
제2절 저서동물
제3절 염생식물
제4절 주민인식
제5절 해양보호생물
제6절 갯벌생태평가지수(안) 개발
제7절 요약 및 결론

Ⅲ. 연안생태계
제1절 해양환경
제2절 부유생태
제3절 저서생태
제4절 유영생태
제5절 우리나라 대표연안
제6절 연안 생태환경 통합 분석
제7절 요약 및 결론

Ⅳ. 근해생태계
제1절 해양환경
제2절 부유생태
제3절 저서생태
제4절 어란 및 자치어
제5절 요약 및 결론

Ⅴ. 암반생태계
제1절 암반무척추동물
제2절 해조류
제3절 해초류
제4절 암반생태계 중점조사
제5절 요약 및 결론

Ⅵ. 바닷새
제1절 바닷새 서식현황
제2절 법정보호종 분포현황
제3절 바닷새 도래기준에 따른 서식지 등급화
제4절 요약 및 결론

Ⅶ. 해양생태축 기반 관리방안 수립
제1절 서론
제2절 축별 설정 범위와 관리방안
제3절 설정·관리를 위한 제도 보완

Ⅷ. 결론 및 제언

부록