한국기독교의 역사Ⅰ~Ⅲ권(전3권)을 한국기독교역사연구소에서 출판 발행하였다. 이 책은 한국에 처음 정주 선교사들이 들어오긴 전 역사를 전사(前史)로 하여 2000년까지의 한국기독교 역사를 통사로 서술한 책이다. 책의 집필 방향은 첫째, 여러 전문학자들이 공동 집필을 원칙으로 하고 주와 참고문헌 등을 통해 학문적 측면을 고려하였다. 둘째, 될 수 있는 한 쉽게 쓰고, 특별한 경우가 아니면 순 한글로 집필하여 연구자들은 물론 기독교사에 관심이 있는 평신도와 신학생 등도 충분히 읽을 수 있도록 하였다. 셋째, 1차 자료를 충실히 반영하고, 특히 개정판에서는 최근의 연구성과까지 반영하였다. 그리고 관련 사진 자료들을 본문에 포함시킴과 동시에 부록으로 한국기독교사연표(635-2000)를 수록하였다. 한국기독교의 역사 I권은 1989년(기독교문사) 초판 발행 이후 2011년에 개정판을 발간하였고, II권은 1990년(기독교문사) 초판 발행 이후 2012년에 개정판을 발간하였다. 이어 Ⅲ권은 2009년 한국기독교역사연구소에서 직접 초판을 발간하였다. 한국기독교의 역사Ⅰ, Ⅱ권의 출판권이 연구소로 이양됨으로써, 2021년 9월부터 한국기독교의 역사Ⅰ~Ⅲ(전 3권)을 드디어 한국기독교역사연구소에서 모두 발행하게 되었다.