R, Not only statistical analytic tool! 오픈소스 R은 흔히 데이터 분석에 사용된다. 하지만 R은 이런 딱딱한 계산만을 위한 도구가 아니다. Dynamic & Reproducible 이 책은 R과 관련 패키지를 활용해 데이터에서 결과물까지 다이내믹한 방법으로 문서를 만드는 방법을 소개한다.
One source, Multi-format outputs 하나의 소스파일을 사용해 자신이 원하는 워드, PDF, HTML, 웹 사이트, 웹 북, 대시보드, 웹 애플리케이션을 만드는 방법을 설명한다. From Docker Container To Cloud 분석하고 계산하여 종이와 유사 매체로 결과를 보고하는 것에서 벗어나, 다양한 형태의 웹 콘텐츠를 생산할 수 있어 다이내믹 데이터 시각화 등도 쉽게 구현해 낼 수 있다.

[목 차]

1부. 다이내믹 문서

1장. 다이내믹 문서의 기초와 RStudio 통합 개발 환경
__다이내믹 문서
____다이내믹 문서 제작의 원리
____코드와 텍스트를 섞어 사용
____두 번의 컴파일
____재현 가능 저술의 간단한 역사
____다이내믹 문서 제작 환경 설정
__처음 만드는 다이내믹 문서
____.Rmd 파일 생성
____소스파일과 렌더링 결과 비교하기
__다이내믹 문서를 위한 RStudio 활용
____새로운 .Rmd 파일 생성
____전체 문서의 목차와 접기 기능
____RStudio 프로젝트 기능
____깃 버전 관리
____엑셀 등에서 데이터 읽기
____필요한 파일로 바로 이동
__servr 패키지를 사용한 자동 렌더링과 리로딩
__다이내믹 문서 제작에 대한 정보
__이 책이 다루는 범위와 필요한 배경 지식
__정리

2장. Rmd 소스파일로 시작하기
__YAML 헤더
____문서 포맷을 정하는 output 필드
____코드 청크
____마크다운 텍스트
__문서의 렌더링 다시 보기
____YAML 헤더, rmarkdown::render(), 템플릿
__문서 변환기로서의 팬독
____어떻게 마스터할 것인가?
____비전문가의 R을 포함한 컴퓨터 학습(나의 경험)
____R 언어를 시작하는 방법
____웹의 언어 배우기
__정리

3장. 니터 패키지
__니터 패키지의 개괄적인 기능
____코드 청크
____문서를 렌더링할 때 실행되는 R 세션
____니터 객체, 패턴, 훅의 개념
__니터의 옵션
____청크 옵션의 역할과 그것을 이해하는 방법
____청크 옵션 설정법
____문서 전체에 적용되는 청크 옵션 설정 방법
____프로젝트 파일 전체에 적용되는 청크 옵션 설정 방법
____패키지 옵션
__소스 코드와 관련된 옵션들
____소스 코드 실행
____소스 코드 출력
__텍스트 출력에 영향을 미치는 옵션들
__에러, 경고 등의 처리
__플롯을 조절하는 옵션들
____그래픽 시스템과 그래픽 디바이스
____이미지 저장 장소와 파일 이름
____이미지 크기
____이미지의 캡션
____이미지 링크
____이미지 배치
____저장된 이미지들의 출력
____사진 등 일반 이미지 넣기
____한글이 들어간 플롯
____.Rnw(레이텍 + 니터)에서의 플롯 옵션들
__니터 패키지에 들어 있는 유틸리티 함수들
____표 만들기: kable() 함수 등
____이미지, 웹사이트, 샤이니 앱 넣기 위한 함수
____동적 콘텐츠에 대한 스크린샷
__정리

4장. 팬독
__팬독 문서 변환기
__팬독 마크다운
____YAML 헤더
____단락(Paragraphs)
____제목(Headers)
____블록 인용
____있는 그대로(Verbatim)
____행 블록(Line blocks)
____목록(Lists)
____정의 목록(Definition List)
____수평선(Horizontal rules)
____표(Tables)
____백슬래시 이스케이프
____스마트 문장기호
____인라인 포맷팅
____윗첨자, 아랫첨자
____수식
____HTML, 레이텍 직접 쓰기(Raw)
____링크
____그림 삽입
____주석 달기
____참고 문헌과 인용 표시
__정리

2부. 다양한 포맷의 문서
5장. HTML 문서와 R 노트북
__HTML 문서
____output 필드
____목차와 제목
____탭으로 구분되는 섹션
____이미지 조정
____코드와 관련된 옵션들
____문서의 스타일과 관련된 옵션들
____.Rmd 소스 파일
____코드 하일라이트
____하나의 독립된 파일로
____중간 마크다운 파일 유지
____보조 파일 부르기
____공유하는 output 필드
____사용자 정의 템플릿 사용하기
____팬독 커맨드라인 옵션
__R 노트북
____RStudio에서 노트북 사용하기
____결과물의 저장
__파라미터를 가진 .Rmd 문서
__정리

6장. WORD 문서
__워드 문서 포맷 지정하기
__목차
__워드 포맷 스타일 지정하기
____레퍼런스 워드 문서에 스타일 입히기
__레퍼런스 워드 파일 사용
__스타일 이외의 설정
__워드 파일에 참고 문헌 삽입
__워드 포맷에서의 표
__여러 파일로 나눠 작업하기
____번호 부여와 목차
__정리

7장. PDF 문서
__.Rnw와 .Rmd의 차이
__출력 포맷과 레이텍 엔진
__프리앰블(Preamble) 구성하기
____한글 사용
__목차, 목차의 깊이, 번호
__그림과 관련된 옵션
__코드 하일라이트
__중간 .tex 파일 남기기
__공유 출력 템플릿 옵션
__정리

8장. 프레젠테이션
__슬라이드 구성을 위한 팬독 문법
__ioslides 프레젠테이션
____제목 처리
____로고 삽입
____슬라이드 레벨 정하기
____목록의 순차적 표시
____와이드 스크린 모드.
____슬라이드 전환 속도
____폰트를 작게
____커스텀 CSS
____표 만들기
____슬라이드 레이아웃 설정하기
____텍스트의 색
____reveal.js 웹 프레젠테이션
____RStudio에서 revealjs 시작하기
____슬라이드 레벨과 reveal.js의 특징
____슬라이드 내용 상하정렬, 테마, 이동, 배경 조절하기
____슬라이드 배경 조절하기
____그림 크기 조절
____커스텀 CSS 설정법
____오리지널 reveal.js의 옵션 설정
____플러그인의 사용
__Beamer PDF 슬라이드
__정리

3부. 샤이니 웹 애플리케이션과 htmlwidgets 패키지

9장. Shiny 웹 애플리케이션의 기초
__샤이니 패키지란?
____패키지 설치, 작업 환경, 유용한 정보원
__처음으로 만들어 보는 샤이니 앱
__샤이니 앱의 작동 방식
____샤이니 반응성 프로그래밍
____샤이니 패키지에서 사전 정의된 주요 객체와 서버함수
____샤이니 앱 코딩 패턴
__샤이니 앱의 여러 가지 형태
____01_hello 앱에 대해
____전통적 복수 파일을 사용한 샤이니 앱
____하나의 파일로 작성하는 샤이니 앱
____.Rmd 파일에서 사용하는 샤이니 앱
__샤이니 작성의 실제 워크플로(개인적인 권고사항)
____샤이니를 위한 R 언어 지식
____비표준 함수
____대화형에서는 잘 사용되지 않는 함수들
__정리

10장. 샤이니 반응성 프로그래밍
__입력 위젯
____숫자 입력용 위젯
____문자열 입력 위젯
____항목 중에서 선택
____날짜, 파일 등 특수한 입력 위젯
____actionButton 위젯
__결과 출력
____출력에 관여하는 서버 함수들과 사용자 인터페이스 함수들
____그래프 출력
____표로 출력하기
____텍스트 출력
__입력과 출력을 반응성으로 연결하기
____샤이니 반응성 관계의 성립
____가장 간단한 체인
____반응성 표현식이 필요한 경우
__정리

11장. 샤이니 반응성 프로그래밍
__반응성 프로그래밍 모델
____샤이니 반응성 객체
____반응성 체인: 반응성 소스, 반응성 종점
____반응성 표현식과 관찰자
__반응성 메커니즘 차근차근 이해하기
____연결된 코드의 상태
____코드가 실행되는 과정
__반응성 로그 시각화 툴 사용하기
__서버 코드의 실행과 변수의 스코프
__반응성 체인의 조절
____isolate() 함수
____observeEvent(), eventReactive() 함수
____reactiveValues() 함수
____반응성 함수들의 이용 사례
__정리

12장. 샤이니 애플리케이션 레이아웃
__부트스트랩 그리드 시스템 이해하기
__샤이니 레이아웃 함수의 개념
____fluidPage와 행, 열의 배치
____sidebarLayout 사용
____탭셋과 내비게이션 바
__샤이니 테마 사용
__정적인 콘텐츠의 구성
__HTML 템플릿 사용
____전체 페이지 형태의 HTML 템플릿
____페이지의 일부 컴포넌트로 사용
__정리

13장. 샤이니 인터랙티브 플롯
__샤이니 플롯 인터랙션의 기초
__정적인 플롯에 대한 인터랙션 사례
__두 번째 사례
__플롯에서 값 읽기
__활용하기

14장. htmlwidgets 프레임워크
__htmlwidgets 패키지란?
__htmlwidgets로 패키지를 만드는 방법
____기본 순서
____htmlwidgets로 hello world 출력 패키지 개발
____sigma.js 라이브러리를 R 패키지로 만들어 보기
____원래의 라이브러리 사용법 익히기
____R 패키지로 변환해 보기
__htmlwidgets 패키지의 사용
__정리

4부. 복합 문서

15장. 정적인 웹사이트
__간단하게 만들어 보는 웹사이트
__웹사이트 만드는 과정
___site.yml 파일
___output.yml 파일에 출력 포맷 정의
__콘텐츠 넣기
__서버에 올리기
__정리

16장. 대시보드
__패키지 설치하고 사용하기
__대시보드 레이아웃의 기초
____컴포넌트: ###과 하나의 열
____열 또는 행의 구분: - 또는 ##
____탭셋: {.tabset}
____페이지 구분: ==== 또는 #
__특수한 레이아웃
__크기 결정
____컴포넌트의 폭과 높이가 결정되는 방법
____패딩(padding)
__컴포넌트: 실질적인 콘텐츠
____htmlwidgets
____정적인 R 플롯
____표
____밸류 박스
____게이지
____내비게이션 바
____주석 텍스트
__대시보드 스타일, 로고, 파비콘 등
__flexdashboard에서 샤이니 앱 사용하기
____샤이니 사용을 위한 기본
____플렉스 박스에 맞춘 샤이니 앱
____flexdashboard에 샤이니 앱을 적용한 사례들
__정리

17장. 책을 위한 북다운 패키지
__bookdown 패키지 설치
__깃북(gitbook) 실제로 만들어 보기
__중요한 역할을 하는 세 가지 파일
_____bookdown.yml: 전체 프로젝트 정의
____index.Rmd 파일의 YAML 헤더
_____output.yml에서 출력 포맷 결정
__북다운 패키지의 렌더링 과정의 이해
__책에 들어가는 콘텐츠
____장절의 구성
____상호 참조 만들기
____그림에 대한 상호 참조
____표에 대한 상호 참조
____다른 장, 절에 대한 상호 참조
____북다운에서 확장된 환경들과 상호 참조
__국제화
__책의 출력 포맷
____깃북 스타일
__bookdown.org 사이트
__정리

5부. 클라우드와 도커
18장. 클라우드 환경에서 R 사용하기
__DigitalOcean 가입과 가상 서버 만들기
____회원가입
____가상 서버(드롭플릇) 만들기
____가상 서버에 로그인하기
____그 다음에 할 일
__우분투 가상 서버(드롭플릿)에 R과 R 패키지 설치
__드롭플릿에 RStudio 서버, 레이텍, Shiny 서버 설치하기
____RStudio Server 설치
____Shiny 서버 프로그램 설치
____레이텍 설치
__가상 서버에 NGINX HTTP 서버 설치하기
____서버에 파일을 올리기
__도메인 구입과 네임 서버 설정
__서버 프로그램들의 사용법
____RStudio 서버의 사용
____Shiny Server 관리
____엔진엑스 HTTP 서버 관리
__엔진엑스로 리버스 프록시 설정
__정리

19장. 도커 환경에서 R, RStudio 사용
____도커(Docker) 배우기
____까다롭다고 느껴질 수 있는 개념
__rocker 프로젝트
____rocker와 기본 도커 명령들
____rocker/r-base 사용
____rocker/rstudio 사용
____rocker/shiny 사용하기
____데이터 볼륨과 실행 컨테이너에 접근
____rocker/hadleyverse와 재현 가능 저술 환경 구축
____도커 파일(Dockerfile) 다루기
____도커를 사용하여 웹 서버 설치하기
__정리

★ 요약 ★
R, Not only statistical analytic tool! 오픈소스 R은 흔히 데이터 분석에 사용된다. 하지만 R은 이런 딱딱한 계산만을 위한 도구가 아니다.
Dynamic & Reproducible 이 책은 R과 관련 패키지를 활용해 데이터에서 결과물까지 다이내믹한 방법으로 문서를 만드는 방법을 소개한다.
One source, Multi-format outputs 하나의 소스파일을 사용해 자신이 원하는 워드, PDF, HTML, 웹 사이트, 웹 북, 대시보드, 웹 애플리케이션을 만드는 방법을 설명한다.
From Docker Container To Cloud 분석하고 계산하여 종이와 유사 매체로 결과를 보고하는 것에서 벗어나, 다양한 형태의 웹 콘텐츠를 생산할 수 있어 다이내믹 데이터 시각화 등도 쉽게 구현해 낼 수 있다.

★ 이 책에서 다루는 내용 ★

■ 데이터에서 결과물까지 모든 것을 연결
■ RStudio, 니터, 알마크다운, 팬독
■ R Shiny를 활용한 웹 애플리케이션 제작
■ 인터랙티브 데이터 시각화를 위한 자바스크립트 라이브러리를 R 패키지로 변환하는 htmlwidgets
■ 클라우드에서의 R 사용법
■ 도커(Docker) 컨테이너에서의 R과 RStudio, Shiny 사용법

★ 이 책의 특징 ★

■ 최소한의 R 코드 사용
■ 통계를 넘어선 넓은 차원의 R 사용법
■ R 재현 가능 연구 도구와 관련된 최신의 내용까지 망라
■ 오피스웨어에 갖힌 사고의 틀 해방
■ 하나의 소스파일로 생각할 수 있는 모든 문서 생산: 워드 문서, 웹 페이지, PDF, 웹 사이트, 대시보드, 웹 애플리케이션, 웹 북 등
■ 학생, 작가, 연구자, 개발자까지 모두를 위한 R 활용서

★ 이 책의 구성 ★

제 1부: 다이내믹 문서
제 1부에서는 이 책에서 소개하는 방법의 원리와 그것을 가능하게 해 주는 중요한 니터, 알마크다운 R 패키지, 팬독을 설명한다. 그리고 이런 기능들을 잘 활용할 수 있는 작업 공간을 마련해 주는 RStudio 통합 개발 환경에 대해 설명한다. 간단한 문서를 사용하여 가볍게 시작할 수 있도록 하였다.

제 2부: 다양한 포맷의 문서
제 2부는 제 1부에서 설명한 원리를 사용하여 가장 기본이 되는 문서 포맷을 설명한다. 하나의 보고서를 작성하는 경우에는 이렇게 하나의 파일로 이루어진 문서들이 유용할 것이다. 이런 문서들을 모아 웹 사이트나 웹 북 등과 같이 복잡한 문서들도 만들 수 있기 때문에 기본 내용들을 잘 숙지하는 것이 좋다. 이 밖에도 우리 주변에서 흔히 사용되는 HTML, PDF, Word 문서를 만드는 방법과 조금 생소할 수도 있는 프레젠테이션 만드는 방법을 설명한다.

제 3부: 인터랙티브 툴(shiny와 htmlwidgets)
제 3 부에서는 사용자 인터랙티브 툴을 소개한다. R을 사용하여 강력한 웹 애플리케이션을 구현할 수 있는 샤이니(Shiny) 패키지를 자세하게 설명한다. 이 책에서 샤이니에 관련된 모든 것을 설명할 수는 없지만 비교적 최근까지 개발된 내용을 정리하여 설명한다. 샤이니를 Rmd 파일에 포함시켜 사용하는 방법도 자세하게 소개한다.
최근 들어 데이터 시각화의 중요성과 맞물려 데이터 시각화와 관련된 수많은 자바스크립트 라이브러리들이 개발되었다. 이 책에서는 이런 자바스크립트 라이브러리들을 R 패키지로 만드는 htmlwidgets 패키지의 원리를 간략하게 소개했다. htmlwidgets으로 개발된 패키지들은 매우 많기 때문에 일일이 설명하기 어렵다. 하지만 이는 해당 패키지 자료를 참고하면 되기 때문에 이 책에서는 그 원리만 설명했다.

제 4부: 복합 문서
제 4부에서는 제 2부에서 다룬 기본적인 포맷들을 바탕으로 좀 더 복잡한 것들을 만드는 방법을 소개한다. 그 예로는 웹 사이트, 깃북과 같은 웹 북, 대시보드 등을 들 수 있다.

제 5부: 클라우드와 도커에서 R의 사용
제5 부에서는 R을 클라우드에서 사용하는 방법을 설명한다. 이 책에서는 대부분 웹과 관련된 내용을 다루고 있는데, 이런 것들은 개인 컴퓨터를 넘어 인터넷, 클라우드 환경에서 사용될 때 더욱 큰 가치를 지닌다. 비록 엔터프라이즈 수준의 환경에는 못 미치지만 그렇게 되기 위한 연습은 될 수 있을 것이라 생각한다.
또한 제5 부에서는 도커 환경에서 R을 사용하는 방법을 설명한다. 도커는 컨테이너라는 개념을 사용하여 마이크로 환경에서 소프트웨어들이 실행될 수 있는 환경을 제공한다. 이런 기능들은 클라우드 등으로 옮겨 사용할 수도 있다. 이런 연습을 통해 R을 좀 더 넓은 환경에서 사용하는 개념을 이해할 수 있을 것이라 생각한다.

이제 R은 데이터 분석을 말할 때 빠지지 않는 중요한 언어가 되었다. 나는 2014년에 R로 다이내믹 문서를 만드는 방법을 소개한 『R과 Knitr를 활용한 데이터 연동형 문서 만들기』라는 책을 냈다. 책을 낸 이후에도 관련된 주제와 툴들의 변화를 지속적으로 업데이트하고자 노력했다. 이 주제는 특히 R 커뮤니티에서 유명한 RStudio 통합 개발 환경을 개발한 RStudio.com 사의 주된 관심사이기 때문에 이 회사의 멤버들이 내놓는 결과물이나 자료들을 중심으로 공부했다. 이와 관련된 내용은 비약적으로 발전했고, 이제는 이러한 툴들이 상당 부분 안정기로 접어들었기 때문에 이 내용을 재정리할 시기가 된 것 같다는 생각이 들었다. 얼마나 많이 바뀌었는지는 이 책에서 확인할 수 있을 것이다.
이 책의 전체에 걸친 주제는 ‘재현 가능 연구법(reproducible research)*이다. 이렇게 말하면 마치 이 책의 내용이 전문가가 논문 등을 작성하는 툴을 소개하는 방법이라고 오인할 수도 있지만 사실은 전혀 그렇지 않다. 직장에서 오피스 대신 사용할 수도 있고, 작가들의 저술 활동은 물론, 논문과 같은 전문적인 글을 쓸 때에도 도움이 된다. 참고로 이 책은 앞에서 말한 책에서 설명한 방법을 그대로 사용하여 저술했다.

- 저자의 말

고석범
가톨릭대학교 의과대학을 졸업한 신경과 전문의다. 병원에서 느끼고 배운 것을 바탕으로 컴퓨터를 공부했다. 융합을 하려면 자신부터 융합되어야 한다고 생각한다. 지금은 병원을 떠나 바이오 벤처 회사의 대표직을 맡고 있다. 미래의 가치 기반 의료를 지원하는 헬스케어 플랫폼을 제공하기 위해 (주)시클리드를 창업했다.
저서로는 에이콘출판사에서 출간한 『R과 Knitr를 활용한 데이터 연동형 문서 만들기』(2014)가 있으며, 번역서로는 『R과 Shiny 패키지를 활용한 웹 애플리케이션』(2014), 엑셀을 이용한 머신 러닝에 대해 설명한 『Data Smart』(2015), 웹 프레임워크 중 하나인 미티어(Meteor)에 관련된 『미티어 인 액션』(2016)이 있다.